A mohácsi vészt követően Perényi Péter vette birtokba Sárospatakot, aki fiával együtt a protestáns hit oltalmazója volt. A város iskolája 1531-től protestáns szellemiségű, 1549-től, Kopácsi István reformátor rektorságától fogva már kimondottan református. Felvidékről és Erdélyből sok tanulni vágyó fiatal érkezett Sárospatakra. A Zemplén megyei város neve az azóta eltelt évszázadokban összefonódott a reformátussággal, kollégiuma révén „Bodrog-parti Athénként” emlegetik. 

Később a város a Lorántffy család birtoka lett, akik bőkezűen támogatták a kollégiumot és a tehetséges diákokat. Lorántffy Zsuzsanna fejedelemasszony, I. Rákóczi György felesége igyekezett puritán elvek alapján megreformálni az iskolát. Ő hívta Patakra Comeniust, a cseh pedagógust. Lorántffy Zsuzsanna halála után nehéz évek vártak a kollégiumra: a pártfogó protestáns főurak elhunytak, a katolikus és rekatolizált családok pedig nem támogatták az iskolát. II. Rákóczi György erdélyi fejedelem özvegye, Báthory Zsófia sokszor lépett fel protestánsokkal szemben, ezek következményeként 1671-ben a fiatalabb diákok hazamentek, az idősebbek pedig Gyulafehérváron folytatták tanulmányaikat.

A kollégium 1682-ben indult újra, bár a diákok csak II. József uralkodása alatt érezhették magukat valóban biztonságban. A felvilágosult gondolkodás, majd évtizedekkel később a reformkor komoly lehetőségeket hozott az oktatásban, így a sárospataki kollégium valóban a korszak egyik szellemi fellegvárává vállhatott, hosszú ideig jogi és tanítóképzés is folyt a kollégium falai között.  

A XX. század új nehézségeket állított az iskola elé, Trianon után a határok elvágták Patakot történelmi központjaitól és beiskolázási területeitől, Kassától, Beregszásztól és Munkácstól. Klebelsberg Kunó vallás- és közoktatásügyi miniszter koncepciója volt az orvosság, hatására a kollégiumban létrejött az országos hírű Angol Internátus, amely az államosítást követően még a szocializmus idején is fenntartotta Sárospatak jelentőségét.

Az állam- és párthatalom részéről már a 40-es évek vége felé történtek jelzések a pataki kollégium felszámolására, majd 1951 és 1952 között fokozatosan, intézményenként ez meg is történt, sőt az egyházkerület önállóságát is megszüntették 1957-ig. 1957-től a Tiszáninneni Egyházkerület Tudományos Gyűjteményei néven működhetett tovább a kollégium „„maradéka”, benne a világhírű könyvtára.

1990. július 1-jén az egyház visszakapta az iskola épületeinek egy részét, s ez év szeptemberétől újraindult a kollégium gimnáziuma. 1991. október elején, negyven évi kényszerszünet után, államilag elismert hittudományi főiskolaként folytatta munkáját a teológiai akadémia is. A Sárospataki Református Kollégium 2004. szeptember 1-jén, az általános iskolai oktatás újraindulásával lett ismét teljes.