A Habsburg-birodalomhoz tartozó Felső-Magyarországon a németajkú Bártfa lett a reformáció központja, de ekkor csatlakoztak a reformációhoz a magyar parasztpolgárok (cívisek) is. Mivel a hódoltság területén megszűnt a katolikus egyházszervezet, a kálvinista vallás terjedésének gyakorlatilag nem volt akadálya. Erdélyben a magyarok körében a kálvini tanok mellett reformáció unitárius irányzata is teret hódított, János Zsigmond is erre az irányzatra tért át.

Az első komolyabb fellépés a protestánsok és tanaik ellen csak I. Rudolf uralkodása idején (1552-1612) történt, mikor katolikus főpapok katonai segítséggel protestáns templomokat és iskolák foglaltak el, majd a tanítókat és a lelkészeket elüldözték. Az erőszakos események közül kiemelkedő volt a kassai evangélikus templom elfoglalása és az 1604. évi országgyűlési határozatokhoz csatolt törvénycikk, mely kifejezetten tiltotta a vallásügy országgyűlésen történő tárgyalását. Az erőszakos rekatolizáció intézkedései vezettek Bocskai István erdélyi fejedelem Habsburg-ellenes felkeléséhez.

Az agresszió nem vezetett eredményre, mind a katolikus papság, mind pedig az uralkodó belátták, hogy a protestantizmussal szemben már nem tudnak fellépni. Ennek nyomán a Bocskai-felkelést lezáró 1606. évi bécsi békében és az azt szentesítő 1608. évi országgyűlésen az udvar és a rendek vallásügyben is egyezségre jutottak: az uralkodó szabad vallásgyakorlatot biztosított a főuraknak, nemeseknek, a végvári katonáknak, a szabad királyi városoknak és a királyi mezővárosoknak. Ez – az augsburgi vallásbékéhez hasonlóan – nem hirdetett teljes vallási toleranciát, csupán a reformáció lutheri és helvét irányra vonatkozott. Viszont ez a megállapodás lett az állam és az egyház jogi viszonyának alapja 1671-ig, a protestánsok elleni hírhedt koncepciós perek kezdetéig.

Mindeközben a katolikus egyház tagjai is ráébredtek, hogy fennmaradásukhoz belső megújulás szükséges. E megújulási mozgalom élére a jezsuita nevelést kapott Pázmány Péter (1570-1637) állt, aki később esztergomi érsek lett. Beszédeiben folyamatosan hirdette, hogy a megújuláshoz nem elegendő reagálni a protestáns tanokra és megcáfolni azokat, hanem az egyháznak képzett, művelt és legfőképpen mélyen hívő papokra van szüksége.