Az 1839-ben Magyarországra érkező első skót református misszionáriusok eredetileg Palesztinába indultak, hogy a zsidók között terjesszék Jézus kereszthalálának és feltámadásának örömhírét. Az út közben Alexander Blacket baleset érte, így egyik társával elindult visszafelé és a Pesten élő nagyszámú zsidóságban missziós területre talált.
Bár a Habsburgok nem támogatták a protestáns skótok magyarországi tevékenységét, az evangélikus Mária Dorottya főhercegné személyében befolyásos segítőre leltek. Meghívására 1841-ben a Skót Egyház elküldte delegációját, élén John Duncannel, hogy építsen ki egy missziói állomást Pesten. Sok zsidó társadalmi felemelkedésének eszközét látta az angol nyelv elsajátításában, és ezért kezdte a misszió alkalmait látogatni. Így kerülhetett kapcsolatba Duncan a zsidó közösség prominens tagjaival, akik közül többen is megtértek és az evangélium terjesztőivé lettek.
A két egyház között partnerkapcsolat alakult ki, 1865-től folyamatosan fogadnak magyar teológusokat Skóciában. A 19-20. században a skótoknak több alkalommal is el kellett hagyniuk Magyarországot, de a missziós állomás szolgálata, köszönhetően a hűséges helyi magyar vezetőknek, folytatódhatott. Az ösztöndíjprogramban korábban részt vevő magyar lelkipásztorok, akik jól ismerték a skót lelkiséget, gondoskodtak a misszionáriusok munkájának folytatásáról, tartottak magyar és angol nyelvű istentiszteleteket.
Egészen a második világháborúig a zsidók közötti szolgálat jelentette a misszió fő tevékenységét, de pásztorolták a Pesten élő – főként angolszász – külföldieket, köztük a Lánchíd építőit, és odaadóan gondoskodtak a rászorulókról is. A misszió és az általa működtetett leányiskola hírnevet szerzett vallási toleranciájával és az oktatás magas színvonalával. Az iskola a második világháború alatt menedéket adott az üldözött zsidóknak, 1948-ban államosították.
Napjainkban a missziói állomás már nem csak a zsidók közötti szolgálatra koncentrál, célja a vallásközi párbeszéd elősegítése. A Budapesten, a Vörösmarty utcában működő nemzetközi gyülekezet református identitását megőrizve magyarok, az országban élő nemzetközi diákok, üzletemberek, diplomaták és hazájukat elhagyni kényszerülő menekültek lelki otthona.